Морская Академия, построенная в 1715 году, стала первым специальным учебным заведением в Санкт-Петербурге. Она была организована на базе части Московской математико-навигацкой школы, которая существовала еще с 1699 года. В этой школе изучали математику, морские дисциплины, географию, геодезию. Занятия вели известные люди: математик Л.Ф. Магницкий, астроном и военный деятель Я.Брюс.

Поступившее в октябре распоряжение в Москву «о высылке в Петербург всех навигаций учителей и учеников октября к 1-му числу сего 715 года», было исполнено в середине ноября. После этого 293 ученика были отправлены в Петербург, а существовавшая в Москве школа стала готовить учеников для Морской Академии и иных специальных учебных заведений.

Руководителями морской академии были генерал-лейтенант П. Сент — Илер, затем граф А.А. Матвеев. Учащиеся академии были на военной службе. Государство содержало их. Учёба и служба в академии регулировалась инструкцией, которую утвердил сам Пётр I.
В Морской Академии учились как дети дворян, так и дети «подлых чинов».

Преподавали в академии и русские, и иностранные педагоги. Они учили гардемаринов нести караульную службу, а также участвовать в учебных морских походах. Штат воспитанников академии делился на бригады (отделения), командирами которых назначались гвардейские офицеры. Начиная с 1716 года, воспитанникам Морской Академии было дано звание гардемаринов.

Обучение в Морской Академии давало возможность получить образование, офицерский чин и становились элитой офицерского флота. Поэтому оно считалось престижным. Среди предметов, изучаемых гардемаринами, были математика, навигация, география, артиллерия, фортификация. Именно в Морской Академии впервые в России был создан даже специальный геодезический класс. Среди её выпускников известными личностями являются адмирал С.И. Мордвинов, мореплаватель А.И. Чириков.